El programa doctoral de la Facultad de Ciencias Económicas se remonta a 1916. En la actualidad el Doctorado de la Universidad de Buenos Aires se dicta en esta unidad académica en tres subáreas: Administración, Contabilidad y Economía. La digitalización de las tesis es obligatoria a partir del año 2007 con el propósito de aumentar la audiencia y potenciar el impacto de los resultados obtenidos respecto del medio tradicional de publicarla en papel y depositar un ejemplar en la Biblioteca.